Задолго до официального создания Конфедерации многие из отделявшихся от США южных штатов предпринимали попытки подчеркнуть свою независимость с помощью новой символики, прежде всего – флагов. Эти новые флаги можно легко разделить на три категории. Штаты с сильными колониальными традициями, такие как Вирджиния и Южная Каролина, располагали на синем фоне свои традиционные гербы. Штаты с менее длительным "колониальным" прошлым, – например, Алабама, - избрали для себя обычную белую пятиконечную звезду ("вырезанную" из официального Stars and Stripes) все на том же синем фоне, т.н. Bonnie Blue Flag; этот же стяг использовался некоторыми воинскими частями из Техаса и Луизианы в течение Войны как неофициальный флаг всего Юга ("знамя сецессии"). Остальные же штаты экспериментировали с одинокими звездами в более экзотическом окружении – так, флаг Луизианы представлял собой поле из 13 красных, белых и синих полос, на котором красовалась одна желтая звезда на красном кантоне. В отличие от Союза, довольствовавшегося одним национальным флагом, Конфедерация за четыре года своего существования сменила три официальных полотнища. Первый из них был принят Конгрессом 4-го марта 1861 года и внешне настолько походил на традиционные "Stars and Stripes", что получил прозвище "Stars and Bars". Дизайн этого флага – три широкие полосы (красная, белая, красная), синий кантон в две трети высоты с белыми пятиконечными звездами по количеству отделившихся штатов в круг - разработал Никола Маршалл из Алабамы.
Однако, этот флаг продержался недолго. Граждане Конфедерации понимали, что он слишком похож на флаг ненавидимого Союза, поэтому, через два года дебатов, национальный флаг был изменен. Получив название Stainless Banner, он представлял собой чистое белое поле с красным кантоном, на который был помещен синий андреевский крест с белой окантовкой и тринадцатью белыми звездами (по количеству штатов). Первый же изготовленный в Ричмонде Stainless Banner был послан президентом Джефферсоном Дэвисом в Армию Северной Вирджинии по очень грустному поводу: на похоронной процессии в него было завернуто тело генерала Томаса "Каменной Стены" Джексона, который скончался после ранения, полученного в сражении при Чанселлорсвилле. Таким образом, Stainless Banner стал известен народу Конфедерации как "флаг Джексона". Этот флаг выглядел очень красиво, однако, он не был лишен одного значительного недостатка: в безветренную погоду, повиснув на флагштоке, он издалека напоминал белый флаг капитуляции. Поэтому, в марте 1865 года, Конгресс Конфедерации несколько изменил пропорции флага и добавил с правого края широкую красную вертикальную полосу. Но до конца Войны оставалось всего несколько недель, и новых флагов было выпущено очень ограниченное количество.
Как уже было сказано, первый национальный флаг Конфедерации очень походил на вражеские знамена, что нередко создавало на поле боя путаницу с неприятными последствиями. С началом активных военных действий было принято решение о введении так называемых "боевых флагов" для исключительного использования на марше и на поле боя. Самый знаменитый боевой флаг, принадлежавший Армии Северной Вирджинии, появился на свет в сентябре 1861 года. После "конфузии с флагами" при 1-м Манассаском сражении южные генералы Борегар и Джонстон усовершенствовали дизайн национального флага, предложенный Уильямом П. Майлсом из Южной Каролины. В итоге получилось квадратное красное полотнище с белыми краями, на которое был наложен синий андреевский крест с белой окантовкой и белыми звездами по количеству южных штатов ( одиннадцать формально отсоединившихся штатов – Южная Каролина, Северная Каролина, Вирджиния, Луизиана, Техас, Джорджия, Арканзас, Флорида, Миссисипи, Теннеси, Алабама, плюс оккупированные северянами Кентукки и Миссури, имевшие своих депутатов и в конфедеративном, и в федеральном Конгрессах, а также южных губернаторов, правящих в изгнании). По замыслу авторов, боевой флаг должен был подчеркивать преданность Юга христианским идеалам и ценностям (крест Св. Андрея внешне напоминает букву "Х", которая обозначает имя "Христос").
Первые боевые флаги Армии Северной Вирджинии были сшиты тремя ричмондскими красавицами – Констанс Кэри Харрисон, Хетти Кэри и Джении Кэри. По легенде, часть этих флагов из-за нехватки красного шелка была изготовлена из нижних розовых юбок самоотверженных южанок. Первоначальный дизайн флага поддерживался не слишком строго – так, его края иногда становились не белыми, а оранжевыми или желтыми, а количество звезд уменьшалось до двенадцати – из-за уважения к формальному нейтралитету Кентукки. Интересно и то, что дизайн боевого флага не был официально утвержден военным министерством до самого конца Войны… Когда генерал Борегар был переведен на Западный театр военных действий, он с удивлением обнаружил, что там, в Армии Теннесси, уже используется не только его собственное детище, но и три других флага. Флаг корпуса Уильяма Дж. Харди в центре полотнища имел белый диск, флаги корпуса Леонидаса Полка варьировали вокруг темы андреевского креста, а флаги корпуса Ван Дорна напоминали турецкие знамена с полумесяцами и обилием звезд на красном фоне. Такое разнообразие боевых флагов на Западе было частично исправлено генералом Джонстоном, который, приняв командование Армией Теннесси в 1864 году, заимствовал дизайн флага Армии Северной Вирджинии, изменив при этом его форму с квадратной на прямоугольную и отказавшись от белой окантовки по периметру. На новый флаг Армии Теннесси очень походил военно-морской флаг Конфедерации, т.н. Naval Jack.
Несмотря на обилие флагов, принятых Конфедерацией и входящими в ее состав штатами, можно с уверенностью сказать, что самым известным из них является именно боевой флаг – Confederate Battle Flag. Хотя он и не был официально одобрен Конгрессом и правительством в Ричмонде, ему удалось стать не просто историческим артефактом, а символом борьбы Юга за независимость. Боевой флаг Конфедерации можно встретить в разных концах света – не только как память о южных солдатах, отдавших свои жизни в борьбе за конституционное правительство и индивидуальную свободу; не только как знак патриотизма, преданности семье и близким, готовности пожертвовать всем ради идеалов, но и как символ противостояния любым формам тирании.